Zakład Biosystemów i Miękkiej Materii

Pracownicy, zespoły

Kierownik:		Strona domowa Zakładu
prof. dr hab. Tomasz Lipniacki tel.: +48 22 826 12 81 wewn. 409 pokój: 325 e-mail:

Sekretariat:

Agnieszka Ponarska
tel.: +48 22 826 98 03 / +48 22 826 12 81 wewn. 228
pokój: 329
e-mail:

Do struktury Zakładu należą:

Laboratorium Bio- i Mikro-Przepływów

Kierownik: dr inż. Sławomir Błoński

Pracownik	Stanowisko	Tel. wewn.	Pokój	E-mail
dr inż. Sławomir Błoński	specjalista	413	312
prof. dr hab. Tomasz Kowalewski	profesor	422	227

Pracownia Fizyki Płynów Złożonych

Kierownik: prof. dr hab. Maria Ekiel-Jeżewska

Pracownik	Stanowisko	Tel. wewn.	Pokój
prof. dr hab. Maria Ekiel-Jeżewska	profesor	227	323
dr Magdalena Gruziel-Słomka	specjalista badawczo-techniczny	446	327
dr Lujia Liu	adiunkt	421	322
dr inż. Yevgen Melikhov	specjalista badawczo-techniczny	446	327
dr Honnenahalli Jagannatha Shashank	adiunkt	446	327
dr Agnieszka Słowicka	adiunkt	421	322
dr Paweł Sznajder	starszy specjalista	421	322
dr hab. inż. Stanisław Tokarzewski	emeryt	227	323
mgr Chris Trombley	doktorant	446	327
dr hab. Zbigniew Walenta	emeryt	446	327
dr Paweł Żuk	specjalista	421	322

Pracownia Modelowania w Biologii i Medycynie

Kierownik: prof. dr hab. Tomasz Lipniacki

Strona domowa

Pracownik	Stanowisko	Tel. wewn.	Pokój
dr Rodrigo Azevedo Moreira da Silva	adiunkt	326	221
mgr inż. Sławomir Białecki	specjalista	423	328
dr inż. Sławomir Błoński	specjalista	413	312
dr Maciej Czerkies	adiunkt	326	221
dr Beata Hat-Plewińska	specjalista badawczo-techniczny	411	326
dr Joanna Jaruszewicz-Błońska	adiunkt	411	326
prof. dr hab. Bogdan Kaźmierczak	profesor instytutu	450	310
dr Marek Kochańczyk	adiunkt	161	311
mgr Paweł Kocieniewski	starszy programista	411	326
dr hab. Michał Komorowski	profesor instytutu	449	324
dr hab. Piotr Korczyk	profesor instytutu	413	312
dr Zbigniew Korwek	adiunkt	326	221
prof. dr hab. Tomasz Kowalewski	profesor	422	227
dr Paulina Koza	adiunkt	423	328
dr inż. Barbara Kupikowska-Stobba	adiunkt	161	311
mgr Tetuko Kurniawan	doktorant	225	225
prof. dr hab. Tomasz Lipniacki	profesor	409	325
dr inż. Paweł Nakielski	adiunkt	448	321
prof. dr hab. Zbigniew Peradzyński	emeryt	450	310
dr inż. Izabela Piechocka	adiunkt	448	321
dr hab. inż. Filippo Pierini	profesor instytutu	448	321
dr Adolfo Poma Bernaola	adiunkt	225	225
dr inż. Wiktor Prus	adiunkt	225	225
dr inż. Chiara Rinoldi	adiunkt	330	320
dr Jarosław Walczak	adiunkt	468	309
dr Karolina Zakrzewska	starszy specjalista	468	309
mgr inż. Damian Zaremba	asystent	161	311
dr Seyed Shahrooz Zargarian	adiunkt	330	320
mgr inż. Krzysztof Zembrzycki	asystent	330	320
mgr Yasamin Ziai	doktorant	330	320

Pracownicy Zakładu

Profesorowie	Tel. wewn.	Pokój
prof. dr hab. Maria Ekiel-Jeżewska	227	323
prof. dr hab. Tomasz Kowalewski	422	227
prof. dr hab. Tomasz Lipniacki	409	325
Profesorowie instytutu
prof. dr hab. Bogdan Kaźmierczak	450	310
dr hab. Michał Komorowski	449	324
dr hab. Piotr Korczyk	413	312
dr hab. inż. Filippo Pierini	448	321
Pracownicy naukowi i badawczo-techniczni
dr Rodrigo Azevedo Moreira da Silva	326	221
dr Maciej Czerkies	326	221
dr Magdalena Gruziel-Słomka	446	327
dr Beata Hat-Plewińska	411	326
dr Joanna Jaruszewicz-Błońska	411	326
dr Marek Kochańczyk	161	311
dr Zbigniew Korwek	326	221
dr Paulina Koza	423	328
dr inż. Barbara Kupikowska-Stobba	161	311
dr Lujia Liu	421	322
dr inż. Yevgen Melikhov	446	327
dr inż. Paweł Nakielski	448	321
dr inż. Izabela Piechocka	448	321
dr Adolfo Poma Bernaola	225	225
dr inż. Wiktor Prus	225	225
dr inż. Chiara Rinoldi	330	320
dr Honnenahalli Jagannatha Shashank	446	327
dr Agnieszka Słowicka	421	322
dr Jarosław Walczak	468	309
mgr inż. Damian Zaremba	161	311
dr Seyed Shahrooz Zargarian	330	320
mgr inż. Krzysztof Zembrzycki	330	320
Doktoranci
mgr Nikita Goltiakov	468	309
lic. Frederic Grabowski	450	310
mgr Ali Haghighat Bayan	448	321
mgr Tetuko Kurniawan	225	225
mgr inż. Sylwia Maciak	421	322
mgr Paweł Nałęcz-Jawecki	450	310
mgr Felipe Nieves Marques Porto	423	328
mgr Chris Trombley	446	327
mgr Yasamin Ziai	330	320
Pracownicy inżynieryjno-techniczni
mgr inż. Sławomir Białecki	423	328
dr inż. Sławomir Błoński	413	312
mgr Paweł Kocieniewski	411	326
dr Paweł Sznajder	421	322
dr Karolina Zakrzewska	468	309
dr Paweł Żuk	421	322
Pracownicy emerytowani
prof. dr hab. Zbigniew Peradzyński	450	310
dr hab. inż. Stanisław Tokarzewski	227	323
dr hab. Zbigniew Walenta	446	327

Badania

Tematyka aktualnie prowadzonych prac:

Niestabilność strugi cieczy, nanostrugi i nanowłókna, elektroprzędzenie biowłókien.
Matematyczne modele ekspresji genów, dynamika peptydów i łańcuchów DNA.
Teoria sprzężenia mechano-chemicznego w tkankach, propagacja fal nieliniowych w tkankach, procesów regulatorowych w komórce.
Zastosowanie teorii złożoności do analizy procesu przesyłania informacji w korze mózgowej.
Mikro-przepływy, procesy transportu w mikroskali, tworzenie się mikro emulsji, numeryczne modele procesów przepływowych w skali mikro i nano, dynamika molekularna, metoda cząstek dysypatywnych.
Oddziaływania hydrodynamiczne skończonej liczby cząstek w przybliżeniu Stokesa.
Symulacja procesów zachodzących w atmosferze ziemskiej, konwekcja termiczna, wpływ turbulencji i mikroskopowych oddziaływań hydrodynamicznych na procesy dyfuzji w chmurze, model eksperymentalny chmury.
Opis matematyczny nadciekłości ze szczególnym uwzględnieniem roli wirów kwantowych.
Efektywne współczynniki transportu, zastosowanie aproksymant Padé do opisu własności złożonych ośrodków.
Konwekcja swobodna z przemianą fazową, badania eksperymentalne i numeryczne procesu krzepnięcia, symulacje wzrostu kryształów i procesów odlewniczych.
Metody oceny wiarygodności symulacji numerycznych przepływów termicznych, wzorce eksperymentalne.
Przetwarzanie obrazów w mechanice płynów, szybkie obrazowanie wideo, jednoczesny pomiar pól prędkości i temperatur (PIV & T), tomografia pojemnościowa, nieinwazyjne badania napięcia powierzchniowego.

Słowa kluczowe:

Ekspresja genów, łańcuchy peptydowe, łańcuchy DNA, fale wapniowe w tkankach.
Ośrodki dyspersyjne, oddziaływania hydrodynamiczne, aproksymanty Padé.
Nanowłókna, mikroprzepływy, mikro i nano cząstki.
Dynamika Molekularna, Dynamika Cząstek Dysypatywnych.
Przemiany fazowe, konwekcja swobodna, metody eksperymentalne i numeryczne.
Równania reakcji-dyfuzji, chaos, nadciekły hel, przejścia fazowe, wiry kwantowe.
Anemometria i termometria obrazowa, stereo PIV, mikro PIV, ciekłe kryształy, analiza obrazów.
Przepływy atmosferyczne, turbulencja w chmurze.
Weryfikacja i uwiarygodnienie (walidacja) modeli numerycznych przepływów.

Realizowane prace doktorskie:

Lp.	Temat	Opiekun	Doktorant
1	Fale i oscylacje wapnia w komórce	prof. dr hab. Bogdan Kaźmierczak pok. 310, tel. wewn. 450	mgr inż. Sławomir Białecki specjalista pok. 328, tel. wewn. 423
2	Dynamics of microparticles in fluids	prof. dr hab. Maria Ekiel-Jeżewska pok. 323, tel. wewn. 227	mgr Chris Trombley doktorant pok. 327, tel. wewn. 446
3	Modelowanie Kaskady MAPK oraz Integracja Szlaków NFkappaB/IRF/p53	prof. dr hab. Tomasz Lipniacki pok. 325, tel. wewn. 409	mgr Paweł Kocieniewski starszy programista pok. 326, tel. wewn. 411

Proponowane tematy prac doktorskich:

Lp.	Temat	Opiekun
1	Modelowanie zjawisk związanych z wewnątrzkomórkową gospodarką wapniową	prof. dr hab. Bogdan Kaźmierczak pok. 310, tel. wewn. 450
2	Mathematical and numerical analysis of pattern formation during morphogenesis	prof. dr hab. Bogdan Kaźmierczak pok. 310, tel. wewn. 450
3	Analiza ścieżek regulatorowych aktywowanych w trakcie obrony immunologicznej komórek	prof. dr hab. Bogdan Kaźmierczak pok. 310, tel. wewn. 450
4	Mikrohydrodynamika miękkiej materii	prof. dr hab. Maria Ekiel-Jeżewska pok. 323, tel. wewn. 227
5	Dynamics of flexible microfibers in fluids	prof. dr hab. Maria Ekiel-Jeżewska pok. 323, tel. wewn. 227
6	Teoretyczna i eksperymentalna analiza odpowiedzi komórek na uszkodzenie DNA – model systemu regulatorowego p53	prof. dr hab. Tomasz Lipniacki pok. 325, tel. wewn. 409

Osiągnięcia

Habilitacje

Lp.	Imię	Nazwisko	Data nadania stopnia	Tytuł pracy	Dyscyplina	Recenzenci
1	Piotr	Korczyk	2017-02-23	Mechaniczne podstawy zastosowania kropel jako mikroreaktorów chemicznych w pasywnych układach mikroprzepływowych	Mechanika	prof. dr hab. Jacek Rokicki, Politechnika Warszawska, prof. dr hab. Witold Elsner, Politechnika Częstochowska, prof. dr hab. Zbigniew Adamczyk, IKFP PAN w Krakowie
2	Tomasz	Lipniacki	2007-06-15	Anizotropowa turbulencja w nadciekłym helu i dynamika wirów dyskretnych.	Mechanika	Dr hab. Konrad Bajer, Prof.Eryk Infeld, Prof. Ryszard Mańka, Prof. Andrzej Styczek
3	Janusz	Szczepański	2007-06-14	Zastosowanie układów dynamicznych w kryptografii.	Informatyka	Prof.Tadeusz Czachórski, Prof. Jerzy Gawinecki, Prof. Tomasz Kapitaniak, Prof. Ryszard Tadeusiewicz.
4	Stanisław	Tokarzewski	2007-03-15	Multipoint continued fraction approach to the bounds on the effective transport coefficients of the phase media.	Mechanika	Prof. Gwidon Szefer, Prof. Wiesław Pleśniak, Dr hab. Kazimierz Piechór, Dr hab. Mieczysław Cieszko
5	Maria Lidia	Ekiel-Jeżewska	2005-09-29	Oddziaływania hydrodynamiczne a współczynniki transportu zawiesin	Mechanika	Prof. Zbigniew Adamczyk, Prof. Marek Kuś, Dr hab. Kazimierz Piechór
6	Bogdan Andrzej	Kaźmierczak	2005-04-28	Fale biegnące w ośrodkach nieliniowych	Mechanika	Prof. dr hab. Zbigniew Peradzyński, Prof. dr hab. Roman Srzednicki, Dr hab. Dariusz Wrzosek

Doktoraty

Lp.	Imię	Nazwisko	Tytuł pracy	Dyscyplina	Promotor	Recenzenci	Rok
1	Chatterjee	Paramita	Mathematical analysis of a new model of bone pattern formation	Inżynieria mechaniczna	dr hab. Bogdan Kaźmierczak	prof. dr hab. Ryszard Rudnicki, prof. dr hab. Dariusz Wrzosek	2020
2	Marek	Bukowicki	Dynamics of settling pairs of elastic particles at low Reynolds number regime	Inżynieria materiałowa	prof. dr hab. Maria Ekiel-Jeżewska	dr hab. Krzysztof Mizerski, IG, prof. dr hab. inż. Marek Morzyński, PP	2019
3	Marek	Kochańczyk	Kinetics of biochemical systems analyzed by numerical simulations	Informatyka	prof. dr hab. Tomasz Lipniacki	prof. dr hab. inż. Andrzej Świerniak, prof. dr. hab. Jacek Waniewski	2018
4	Marta	Gruca	Ruch regularnych układów wielu cząstek oddziałujących hydrodynamicznie w polu grawitacyjnym	Mechanika	prof. dr hab. Maria Ekiel-Jeżewska	dr hab. Krzysztof Mizerski, prof. IG PAN, dr hab. Jacek Pozorski, prof. IMP PAN	2016
5	Andrzej	Chmielowiec	Wydajne metody generowania bezpiecznych parametrów algorytmów klucza publicznego	Informatyka	dr hab. Janusz Szczepański, prof. IPPT	prof. dr hab. Jerzy A. Gawinecki (WAT), prof. dr hab. Zbigniew Kotulski (PW)	2012
6	Anna	Myłyk	Dynamika układów wielocząstkowych opadających grawitacyjnie w lepkim płynie	Mechanika	dr hab. Maria Ekiel-Jeżewska, prof. IPPT PAN	dr hab. Piotr Szymczak, Uniwersytet Warszawski, dr hab. Zbigniew Walenta, IPPT PAN	2012
7	Marcin	Kędzierski	Zastosowanie metody multipolowej do analizy oddziaływań hydrodynamicznych w cylindrycznym mikrokanale	Mechanika	dr hab. Eligiusz Wajnryb	dr hab. Anna Kucaba-Pietal, dr hab. Piotr Szymczak	2011
8	Beata	Hat-Plewińska	Wpływ ilości kopii genu na dynamikę sieci regulatorowych w komórce	Mechanika	dr hab. Tomasz Lipniacki	dr hab. Bogdan Kaźmierczak, dr hab. Jacek Miekisz	2010
9	Sławomir Paweł	Błoński	Analiza przepływu turbulentnego w mikrokanale	Mechanika	prof. Tomasz A. Kowalewski	prof. Piotr Doerffer, dr hab. Zbigniew Walenta	2009
10	Krzysztof	Dekajło	Analiza stabilności przepływów termicznych w pochyłej geometrii	Mechanika	prof. Tomasz A. Kowalewski	prof. Szymon Malinowski, dr hab. Zbigniew Walenta	2009
11	Piotr Michał	Korczyk	Drobnoskalowa turbulencja w procesie mieszania chmury z otoczeniem - model laboratoryjny	Mechanika	prof. Tomasz Kowalewski	prof. Stanisław Drobniak, dr hab. Zbigniew Walenta	2008
12	Agnieszka Małgorzata	Słowicka	Badanie metodą dynamiki molekularnej powstawania wybranych nanostruktur w emulsjach	Mechanika	dr hab. Zbigniew Walenta	dr hab. Anna Kucaba-Piętal, dr hab. Eligiusz Wajnryb	2008
13	Małgorzata	Zdanowicz	Analiza matematyczna równań modelujących plazmę w silniku jonowym	Mechanika	prof. Zbigniew Peradzyński	prof. Andrzej Palczewski, dr hab. Kazimierz Piechór	2007

Publikacje

Aparatura

Lp.	Nazwa	Rok produkcji	Pokoj	Kontakt
1	Laser dwuimpulsowy Nd:YAG (New Wave Research, SoloPIV) oraz synchronizator lasera impulsowego	2001	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
2	Kamera monochromatyczna typu "double-shuter" (PCO, SensiCam)	2003	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
3	Szybka kamera monochromatyczna (PCO, pco.1200 hs)	2004	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
4	Kamera monochromatyczna typu "double-shuter" (PCO, SensiCam)	2004	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
5	Mikroskop fluorescencyjny (Nikon, Eclipse E-50i)	2004	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
6	Laser impulsowy (EKSPLA, NL202)	2008	314	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
7	Serwer ACTINA, 128GB RAM, 24 CPU	2009	319
8	Zintegrowany mikroskop sił atomowych (AFM), mikroskop konfokalny i spektroskop Ramana (NT-MDT, NTEGRA Spectra)	2010	314	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
9	Mikroskop fluorescencyjny odwrócony (Leica, DMI3000B)	2011	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
10	Mikroskop konfokalny odwrócony z komorą przeżyciową (Leica, TCS SP5 X)	2012	319	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
11	Aparat Real-Time PCR (Applied Biosystems, QuantStudio 12K Flex)	2012	219	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
12	Autoklaw parowy 108L (HMC, HG113)	2012	220	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
13	Szybka kamera ze zintegrowanym wzmacniaczem obrazu (Lambert, HiCAM 500)	2012	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
14	Precyzyjna pompa strzykawkowa (Cetoni, neMESYS)	2012	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
15	Mikroprzepływowy system do hodowli i badania komórek (CellASIC, ONIX)	2012	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
16	Plasma Cleaner (Diener, ZEPTO PCCE)	2012	315	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
17	Laser impulsowy z powielaniem częstotliwości oraz układem kierowania emitowanej wiązki światła (EKSPLA, NL303D)	2012	316	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
18	Szczypce optyczne do badań biologicznych	2012	314	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
19	Mikroskop optyczny odwrócony z wyposażeniem do techniki TIRF (Leica AM TIRF MC)	2013	315	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413
20	Aparat digital PCR (Applied Biosystems QuantStudio 3D)	2015	219	Błoński Sławomir 22 826 12 81 wewn. 413